Si vous utilisez, à raison, l’externalisation de vos figures TikZ, et que vous voulez utiliser une référence croisée (ou cross-reference) dans une de vos figures, vous risquez de ne jamais réussir à afficher cette référence.

Pour résoudre ce problème, plutôt que de compiler simplement avec le shell-escape comme on fait d’habitude pour l’externalisation :

pdflatex -shell-escape DocumentMaitre.tex

Il faut en fait utiliser la commande suivante :

pdflatex -shell-escape -interaction=batchmode -jobname "NomDeLaFigure" "\def\tikzexternalrealjob{DocumentMaitre}\input {DocumentMaitre}"

Où NomDeLaFigure est le nom défini juste avant le tikzpicture par la commande :

\tikzsetnextfilename{NomDeLaFigure}

Bonne compilation !